Lee Chong Wei sinh ra trong một gia đình người Malaysia gốc Hoa. Lúc còn nhỏ, anh yêu thích bóng rổ, tuy nhiên mẹ anh sớm cấm anh chơi do sức nóng tại sân bóng rổ ngoài trời. Anh bắt đầu học chơi cầu lông năm 11 tuổi, khi người bố yêu thích cầu lông của anh đưa anh tới nhà thi đấu cầu lông. Một huấn luyện viên để ý đến anh, và đề nghị với bố anh về việc nhận anh làm học trò. Sau khi được bố anh đồng ý, huấn luyện viên bắt đầu dạy cầu lông cho anh sau giờ học.[7] Được Misbun Sidek phát hiện, anh được vào tuyển quốc gia khi 17 tuổi.[8]

Ngày 3 tháng 11 năm 2006, Lee Chong Wei gặp một tai nạn xe hơi. Trên đường tới Bukit Jalil sau bữa tối, anh bị một chiếc xe đâm phải do chiếc xe bị mất lái do thủng lốp. Anh được đưa tới Trung tâm Y tế Sunway và phải khâu chấn thương 6 mũi.[9]

Lee Chong Wei được nhận 300.000 RM vào ngày 21 tháng 8 năm 2008, một phần thưởng cho chiếc huy chương bạc tại Thế vận hội 2008. Anh cũng được nhận 3.000 RM trợ cấp trọn đời mỗi tháng từ tháng 8 năm 2008.[10] Cũng nhờ thành tích đó, anh được Thống đốc Penang Tun Abdul Rahman Abbas trao một huy chương Darjah Setia Pangkuan Negeri (DSPN), và kèm với huy chương là danh hiệu Datuk vào ngày 30 tháng 8 năm 2008.[11]

Anh được bổ nhiệm làm Đại sứ quốc gia của UNICEF Malaysia vào tháng 2 năm 2009.[12]

Ngày 6 tháng 6 năm 2009,Lee Chong Wei được nhận huy chương Darjah Bakti (DB), từ Tuanku Mizan Zainal Abidin, trùng với sinh nhật của Seri Paduka Baginda Yang di-Pertuan Agong, cho thành tích của anh tại Thế vận hội 2008.[13] Anh từng hẹn hò với Wong Mew Choo, đồng đội của anh.[14] Năm 2009, Lee Chong Wei và Wong Mew Choo công bố chia tay khi Giải vô địch cầu lông thế giới đang diễn ra ở Hyderabad, Ấn Độ. Tuy nhiên, anh tuyên bố hòa giải với Wong Mew Choo sau khi giành huy chương bạc tại Thế vận hội mùa hè 2012.[15] Họ kết hôn vào ngày 9 tháng 11 năm 2012,[16] sinh con đầu lòng là Kingston Lee vào tháng 4 năm 2013.[17], và con thứ hai là Terrance Lee vào tháng 7 năm 2015[18]

Ngày 16 tháng 3 năm 2011, Lee Chong Wei được nhận cổ phần của Permodalan Nasional Berhad trị giá 100,000 MYR từ Najib Tun razak ngay sau chiến thắng của anh tại giải Toàn Anh Mở rộng.[19] Anh được bổ nhiệm làm đại sứ của Đại học KDU ngày 31 tháng 7 năm 2011.[20]

Cuốn tự truyện của Lee Chong Wei Dare to be a Champion (tạm dịch nghĩa: Dám ước mơ thành nhà vô địch) đã được phát hành chính thức ngày 18 tháng 1 năm 2012.[21]